プロットとは一言で言えば「筋書き」です。設定とプロットは相互補完的に決めていきましょう。
設定によってはプロットを変え、プロットによっては設定を変えと言う風に柔軟に揉んでいきます。

プロットは基本的に時間軸に合わせて考えますが、いざ作品にする時に入れ替えても構いません。

例えば
AさんとBさんが口論をする
↓
AさんがBさんを殺害する
↓
Bさんの死体が発見される

という時間軸で流れるプロットであった場合に、
これを

Bさんの死体が発見される
↓（過去に戻って）
AさんとBさんが口論をする
↓
AさんがBさんを殺害する
という作品構成にすることもできます。

どちらにしてもしっかりとしたプロットを作っていれば後で効果的な並びに時間軸を組み替えることも容易になります。

プロットは箇条書きでフロチャートのような形で考えるとわかりやすく作品構造を整理できます。
プロットを考えているうちに作品の骨格がだんだんと出来上がっていきますし、新しい展開を発想することもあります。
最初は大雑把に作っておいて徐々に肉付けしていくのが一般的なやり方です。

プロットも設定と同じようにテーマから逆算的に考えます。
このテーマを表現するのに必要な設定は何か？
このテーマを表現するのに効果的なプロットは何か？
と考えていきます。

この方法で導きだした設定やプロットは作品世界で矛盾を起こしません。
逆に設定やプロットが先にあると歪な形の作品になりがちです。
職業作家であれば「白虎隊の青年」という設定で作品を書き始めたり、「主人公が実父を殺害して自首する」というプロットありきで短編を書いたりできるかと思いますが、
初心者はテーマから設定・プロットを決めないと作品世界をうまくまとめることが出来ません。
なによりも書く意欲を維持するのが難しいでしょう。

☆ Step3のまとめ:「プロットはテーマから逆算」